1948年10月，風雨如晦，南京政府已面臨崩潰的境地，已經出任資源委員會委員長的孫越崎決定率資委會起義，向所屬廠礦發出“堅守崗位，護廠護礦，準備移交”的號召。在這關乎國家前途命運的時刻，翁心源做出了響應號召，護廠護礦的決定。這是他堅守自己實業救國理想的唯一抉擇，鐵路的夢想已經因抗日戰爭破滅一次，人生不能允許他再失去石油的夢想。他多年籌謀修筑中國的石油長輸管道，只有堅實地站在中國的大地上才有實現的前景。
護廠迎接解放
1949年4月23日，為和談奔走失敗的翁文灝在南京解放的前一天飛抵上海，第二天，在翁心源的陪伴下到高橋東廠、西廠兩座儲油所看望職工。他對翁心源護礦迎接解放的抉擇給予了支持，看望高橋石油職工，也是表達了對護廠的支持態度。人生的特殊經歷使他只能選擇暫時的去國別鄉，唯一不舍的就是二十年來嘔心瀝血建立起來的石油工業。他在向石油告別，在向未竟的理想告別。
解放軍發動上海戰役后，高橋成為國民黨守軍的軍事重地，經東廠、西廠兩座儲油所碼頭開來的軍隊不斷向廠里征用物資，要求進駐和存放軍需物品。此時，東廠儲油所存放5萬余桶原油的油庫距黃浦江不足百米，若遭戰火或敗軍破壞，引起大火不僅儲油所毀滅殆盡，燃燒的原油流入黃浦江，對市區的危害更不堪設想。在這種情況下，翁心源做了三件關乎儲油所與石油職工安危的大事：借國民黨淞滬警備司令部之力保護油庫，組織職工護廠，將家屬撤離高橋。
研究史料，為防止國民黨敗軍破壞高橋儲油所，翁心源應該是在5月21日至25日之間，用中國石油公司的名義，以防止軍隊危及油庫的安全為由，利用父親上層關系從淞滬警備司令部要出“油庫重地，禁止駐軍”布告的。這張布告張貼在儲油所門前是如此的及時，因為5月25日高橋就成為激烈的戰場。27日，高橋被解放軍攻克，儲油所安然無恙。
在高橋成為戰場前翁心源到高橋儲油所，一方面組織職工護廠，一方面將職工家屬疏散到市區安全的地方，并將到市區無處安身的職工家屬安置在自己的家中，等待上海的解放。
1949年5月27日，國民黨守軍放下武器，高橋儲油所及所有設施器材完整地交給了新生的上海。
 
建設新中國石油事業
翁心源熱情地擁抱新生的共和國，愈加努力地追逐他的石油夢想。
1949年初，翁心源應召進京參加籌備燃料工業部第一次全國石油工作會議。四月，在全國石油工作會議上決定成立石油管理總局，翁心源被任命為總局計劃處處長，以他淵博的知識組織制訂了石油工業三年國民經濟恢復時期的計劃和第一個五年計劃的發展規劃。1955年，石油工業部成立，翁心源擔任基建司總工程師。隨著我國石油工業邁入快速發展時期，他作為石油基建工程的最高技術負責人和儲運工程領域的帶頭人，組織了建國初期油氣長輸管道、儲運工程和新建、擴建煉油廠等國家重點工程的設計審查、施工質量監督和驗收工作。
1952年,清華大學院校調整后設立石油儲運專業，翁心源作為油氣儲運工程的開創者，被聘為兼任教授。
1957年，新中國開發的第一個整裝油田克拉瑪依油田試生產，急需鋪設一條通往獨山子煉油廠的輸油管道解決運輸的難題。這將是我國第一條長距離輸油管道，不僅是中國石油工業里程碑式的工程，亦是翁心源石油夢想中輝煌的目標。他接受了設計任務，并在1958年到新疆主持了管道的建設。這畢竟是開國之初修筑的第一條長輸管道，困難之大難以想象，缺少建設管道的設備材料，缺乏管道技術專業人才，一切都需要翁心源用他豐富的學識、深厚的經驗和以實際化困境的智慧來解決。他提出用井間接力輸送的工藝，充分利用地層壓力輸送原油的辦法降低能耗；缺少材料，他將就地取材作為工程從簡節約的原則，要求施工技術人員和工人只能到油田的廢料堆中尋找替代品。在鋪筑油管工地常常可以看到管材用的是鉆井用的套管，輸送動力用的是鉆井用的柴油機和泥漿泵，用鉆井成套的動力設備建設起管道泵站。期間，他還推薦石油學院教授、由航空專業轉行石油儲運的張英教授參與主持克拉瑪依管道的鋪設。1959年1月10日，中國第一條147公里長距離輸油管道僅用九個月建成投產，翁心源建設長輸管道的理想首戰告捷。
1960年3月，大慶石油會戰拉開序幕。翁心源為會戰獻策，建議集中石油部所屬單位技術骨干參加會戰，壓重擔，負重責。而恰在這時視石油為畢生己任的翁心源肝炎復發，但他無暇顧及個人的健康奔赴會戰前線，親自組織實施了薩爾圖、喇嘛廟油田地面建設的規劃和建設。薩爾圖油田是大慶會戰建成的第一個油田，翁心源發揚大慶精神精心設計精心施工，高質量地完成了在職期間所有的工程建設任務。1962年，會戰指揮部驗收地面建設各種工程項目487項，質量優良率達90﹪。鋪設各類管線600公里，共有13萬道焊口，一次試壓合格率1961年達到99﹪，1962年更高達99.94﹪。
1961年，四川開工建設巴縣石油溝氣田至重慶供氣工程的巴渝輸氣管道，全長54公里，這不僅是我國第一條輸氣管道，其穿越長江更是我國開創性的工程。第一次穿越長江工程因管道斷裂失敗。1962年，為攻克穿越長江的科學難關，翁心源受命到四川組織技術力量攻關。他帶領技術人員深入實地考察，精心選擇輸氣管道過江路線，運用深厚的學識和極大的智慧研究設計出過江的工程實施辦法。他分析管道過江斷裂的原因是江底不平，有懸空段。當年國家沒有大型水上鋪設管道的設備，一切都要從實際出發解決工藝技術難關。翁心源借用四川興建水利傳統的石籠工藝，創造性地提出石籠穩管法，即先將管道鋪過江，然后將卵石裝入鉛絲籠子做成的石籠投放到水下管道的兩側，形成一條人工管溝來穩定管道。
翁心源在過江管線工地日夜操勞，事無巨細，令所有人欽佩慨嘆。他有每天記工作日志的習慣，每部日志都是一個工程從設計、規劃、施工工藝到每天工作狀況的完整記錄。慶幸的是，他的女兒們至今還保存著他極具史料價值的日志。選摘幾則穿越長江工程的日志，以識這個宗師級工程師的工作作風：“3月19日，過江管線預算（略）；3月21日，整天在南岸工地，挖了一天效果不大。工作到日落晚七點左右。開夜工……到清晨2點；3月22日，上午繼續在南岸高坡，先用人將卵石打松，改拉鏟齒。下午拉鏟，將岸邊一段加深……。”
翁心源創造性的過江管道工藝技術在他的指揮下輸氣管道一次性成功穿越長江天塹。我國第一條輸氣管道隨之建成，翁心源的石油管道夢想再次成真。
在奔赴大江南北石油工程建設工地的同時，翁心源對管道防腐還進行了長期的研究，所獲得的成果對輸油工程技術作出了重大貢獻。因為他的科學成就，被國家科委聘為石油地質組儲運分組成員和腐蝕組土壤腐蝕分組副組長，并擔任中國腐蝕學會理事會秘書長。他還將結構力學的理論引入石油儲運工程中，奠基和發展了我國石油儲運工程理論。眾多的研究成果對我國石油儲運事業產生了深遠的影響。
1964年，石油部成立石油情報所，翁心源調任該所副所長兼總工程師，為建立中國石油工業的科技情報網絡做出了重大貢獻。但筆者并不為此擊掌表頌，他是中國學習和掌握石油儲運工程的第一人，是站立潮頭引領我國石油儲運技術的一代宗師，情報所副所長人選可以摩肩，而翁心源卻是那個時代無可替代的人物，需知他才52歲，正是一個科學家最好的年華。這項任命中斷了他的石油儲運事業，對我國石油工業是個重大損失。
無論翁心源去向何方，他永遠是新中國油氣儲運事業的一座豐碑。
 
魂歸潛江
翁心源像一切富有社會理想、肩負社會道義的中華民族歷代優秀知識分子一樣，伏清白以死直，具有愛國、守節、清貧、修身的傳統美德。他向往新中國，解放前夕謝絕美國亞細亞石油公司的高薪聘請，拒絕去臺灣工作，決心留在大陸迎接解放。他的妻子和女兒連同祖父、母親曾被父親安置在臺灣，他決意追隨共產黨后，便又在父親的幫助下將他們接回上海，共同迎接新中國的誕生。全國解放后，他在周恩來總理的授意下與流亡國外的父親聯系，動員他早日回歸祖國。當中共中央同意翁文灝回國后，他又接受任務到香港面見父親，向他轉達黨中央的決定。父親回國后一度沒有工作，他陪伴寬慰父親直至問題的解決。文化大革命初期父親受到沖擊，被批斗抄家，他還勸慰父親向前看，可此時他也深陷困境。
1949年2月，翁文灝為了促進南京政府與中共和談，受李宗仁之托到溪口面見蔣介石，試圖勸說他同意和談，因為年高體弱帶了翁心源同往。這件事被單位造反派揭發，翁心源有口難辨。更荒唐的是，解放前夕為護廠利用翁文灝的關系弄來國民黨上海淞滬警備司令部的布告，竟被說成“勾結偽國防部二廳”，遂被打成“潛伏特務”，成為荒謬的“資源委員會潛伏特務案”的主角，受到無休止的審查批斗。
他是個品質高潔的人，在巨大的壓力下始終堅持實事求是，按照真實情況回答造反派和專案組企圖“深挖同黨”的提問，沒有牽連任何人。這令急于立功的造反派失望以極，對他的摧殘更加嚴酷。1970年4月9日，翁心源在湖北潛江“五七干校”被造反派連續批斗了三天，心力憔悴到極點。他意識到造反派的矛頭所指是父親，是追隨孫越崎伯伯起義的整個資源委員會人員，只要他活著，造反派就不會停止對他的折磨。他想到以死來結束這場悲劇。筆者讀過翁心源的遺書，讓我淚流不止的是，在生命最后的時刻，他想到的是年邁的父親、辛勞的妻子和向往美好明天的女兒們，他請求組織將他的死說成是失足落水而亡，以減輕親人的悲傷和政治壓力。
深夜，他投入干校農場的水渠結束了生命，年僅58歲。
翁文灝回國后，因為歷史的原因被剝奪了從事科學研究的權利，對這位享譽世界的大科學家的打擊是巨大的，于是他將對科學與實業興國的夢想都寄托在長子翁心源的身上，當他得知翁心源的死訊后，悲痛欲絕，連作三首詩以寄哀思：
    初學工程修鐵路，衡陽軌轍達南方。
    石油繼產抗倭寇，草創玉門艱苦嘗。
 
    新時開發石油謀，努力推勘大九州。
    大慶宏規初建設，曾參計劃啟勛猷。
 
    全心服務矢終身，儉樸生涯奮勉真。
    志氣猶存油管接，中途逝去太傷神。
雖然兒媳李素英對翁文灝說心源是突發心臟病離世，但久經政治風雨的翁文灝還是隱約察覺到背后的真像，82歲老人的身心再也無法承受這樣的打擊，不久便魂追愛子而去。
翁心源與他的父親翁文灝一樣是一介書生，在科學的海洋可以自由地遨游，卻被政治大潮所吞沒。可慰的是他們父子的悲劇與他們的科學貢獻一樣成為社會的財富，讓人們從中更加認識到科學與民主是與復興中華民族的偉業唇齒相依的。今日的改革之路正是全民族對此共識的結果。中國的石油人要永遠銘記住這個名字——翁心源。